W Kolegium Lekarzy Rodzinnych w Polsce działają Komisje:

1. Edukacji i Nauki
2. Aktów Prawnych
3. Praktyki i Systemu Ochrony Zdrowia
4. Relacji Publicznych
5. Profilaktyki i Implementacji
6. Młodych Lekarzy Rodzinnych

Komisje Kolegium odpowiedzialne są za przygotowanie propozycji strategii i kierunków rozwoju Kolegium w odpowiednich dziedzinach oraz realizują zadania wynikające z wytycznych programowych Kolegium Lekarzy Rodzinnych w Polsce.